2029 год. Благодаря значительным достижениям в кибернетике люди могут заменять свои конечности роботизированными частями. Майор Мотоко Кусанаги из 9-го отдела службы безопасности ведёт расследование, связанное с таинственным хакером, который называет себя Кукловод.

Начало XV века, Польша. Юный и одарённый Рафаль хочет учиться теологии, но однажды он сталкивается с Хубертом и революционной теорией о вращении Земли вокруг Солнца, что противоречит учению церкви. Вместе они изучают астрономию и проводят исследования, рискуя жизнью. Их деятельность привлекает внимание инквизитора Новака.

После третьей магической войны священная реликвия Святой Грааль таинственным образом исчезает. Много лет спустя клан Иггдмиллениа объявляет, что Святой Грааль теперь находится в их владении, и они намерены покинуть Лигу магов. Назревает новый масштабный конфликт.

После окончания очередной мировой войны наука сделала невероятные шаги — теперь каждый человек может продлевать свою жизнь с помощью кибернетических частей тела. Все жители планеты связаны в общую сеть под названием Призраки, и широко распространились кибератаки на отдельных людей с целью кражи их памяти и тел. После убийства премьер-министра Японии майор Мотоко Кусанаги и её Девятый отдел выходят на след киберпреступников.

Освободившись от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги теперь должна научиться принимать приказы от Арамаки. Кто-то взламывает системы защиты госбезопасности, и Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится заручиться помощью снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза в новом отряде 9-го отдела госбезопасности. Между двумя группами возникает соперничество.

2017 год. ЕС терпит бедствия и разрушения из-за Британской империи. Надежды на избавление и получение независимости уже давно нет. Но страны, входящие в Евросоюз так легко сдаваться не собираются. Для выполнения секретного задания была выбрана небольшая группа японцев.

Могущественная террористическая организация пытается уничтожить репродуктивный центр жителей Олимпа. Боец спецподразделения Дюна Ньют и её напарник, элитный солдат-киборг Бриарей, преследуют безжалостных убийц и пытаются раскрыть тайну «яблочного зёрнышка».

Сики Рёги обладает таинственными «глазами смерти» - силой, дающей своему владельцу возможность видеть линии жизни всего живого, и уничтожить любой объект, обрезая их. Она лишь недавно проснулась от двухлетней комы, в которую впала в связи с автомобильной аварией.

Сики Рёги - девушка, обладающая таинственными «глазами смерти», силой, дающей своему владельцу буквально видеть линии жизни всего живого, и уничтожать любой объект, обрезая их. Она лишь недавно проснулась из двухлетней комы, в которую впала связи с автомобильной аварией.

Адзака Кокуто обожает все запретное и влюбилась ни много ни мало - в собственного старшего брата. Вскоре Адзака решила, что любимый Микия быстрее оценит ее как женщину, если она будет жить отдельно. С тех пор девушка училась в частной школе Рэйэн, навещая брата на каникулах, и все было бы хорошо… если бы не появление некоей Сики Рёги. Ни в чем не желая уступать сопернице, Адзака становится ученицей волшебницы Токо Аодзаки и вливается в ее небольшую, но дружную команду, чтобы доказать брату